Japan-Places.com ने जापान में लगभग 133 प्राकृतिक इतिहास संग्रहालय को सूचीबद्ध किया है। . जापान के कुछ टॉप रेटेड प्राकृतिक इतिहास संग्रहालय हैं। फुकुई प्रीफेक्चुरल डायनासोर संग्रहालय, संग्रहालय पार्क इबाराकी प्रान्त प्राकृतिक संग्रहालय, संग्रहालय पार्क इबाराकी प्रान्त प्राकृतिक संग्रहालय, प्राकृतिक इतिहास और मानव इतिहास का किताक्यूशु संग्रहालय, प्राकृतिक इतिहास का कानागावा प्रीफेक्चुरल संग्रहालय, ग्रेट हंसिन-अवाजी भूकंप स्मारक आपदा न्यूनीकरण और मानव नवीनीकरण संस्थान, प्राकृतिक इतिहास का गुनमा संग्रहालय, माई प्रीफेक्चुरल संग्रहालय, सैतामा प्रीफेक्चुरल म्यूजियम ऑफ नेचर & प्राकृतिक इतिहास के वाकायामा प्रीफेक्चुरल संग्रहालय.