Japan-Places.com ने कुमामोटो में लगभग 2 गैर लाभकारी संगठन को सूचीबद्ध किया है। . कुमामोटो के कुछ टॉप रेटेड गैर लाभकारी संगठन हैं। वर्कर्स कॉर्प (गैर-लाभकारी संगठन) & Dendenmushi नो काई (NPO Corporation).