Japan-Places.com ने नागासाकी में लगभग 1 गैर लाभकारी संगठन को सूचीबद्ध किया है। . नागासाकी के कुछ टॉप रेटेड गैर लाभकारी संगठन हैं। क्षेत्रीय परिसंचरण अनुसंधान संस्थान (एनपीओ निगम).