Japan-Places.com ने शिंजुकु सिटी में लगभग 1 गैर लाभकारी संगठन को सूचीबद्ध किया है। . शिंजुकु सिटी के कुछ टॉप रेटेड गैर लाभकारी संगठन हैं। जापान ऑर्गेनिक कॉटन एसोसिएशन (NPO Corporation).