Japan-Places.com ने शिंजुकु सिटी में लगभग 4 गैर लाभकारी संगठन को सूचीबद्ध किया है। . शिंजुकु सिटी के कुछ टॉप रेटेड गैर लाभकारी संगठन हैं। सनातन हिंदू फाउंडेशन जापान, सनातन हिंदू फाउंडेशन जापान, बर्फीले जापान & बर्फीले जापान.