Japan-Places.com ने शिंजुकु सिटी में लगभग 3 गैर लाभकारी संगठन को सूचीबद्ध किया है। . शिंजुकु सिटी के कुछ टॉप रेटेड गैर लाभकारी संगठन हैं। शांति नाव कार्यालय, निर्दिष्ट गैर-लाभकारी संगठन यू-स्कूल प्रचार संघ & निर्दिष्ट गैर-लाभकारी निगम PEACE.