Japan-Places.com ने जापान में लगभग 164 पुरातत्व संग्रहालय को सूचीबद्ध किया है। जापान के कुछ टॉप रेटेड पुरातत्व संग्रहालय हैं। चिनो सिटी तातेशी जोमोन पुरातत्व संग्रहालय, Ikikoku संग्रहालय (नागासाकी प्रान्त दफन सांस्कृतिक संपत्ति केंद्र), मियाज़ाकी प्रीफेक्चुरल सैतोबारू पुरातत्व संग्रहालय, चिकात्सुसुका संग्रहालय, नारा पैलेस साइट संग्रहालय, सेंडाई सिटी टोमिज़ावा साइट संग्रहालय, कामित्सुकेनोसातो संग्रहालय, साकितामा प्राचीन दफन टीले का सैतामा प्रीफेक्चुरल संग्रहालय, Kitora Tumulus भित्ति अनुभवात्मक संग्रहालय शिजिन्नो याकाता & कोरेकावा जोमोन संग्रहालय।