Japan-Places.com ने शिंजुकु सिटी में लगभग 2 प्राथमिक विद्यालय को सूचीबद्ध किया है। शिंजुकु सिटी के कुछ टॉप रेटेड प्राथमिक विद्यालय हैं। हानाज़ोनो प्राथमिक विद्यालय & तेनजिन प्राथमिक विद्यालय।