Japan-Places.com ने नागासाकी में लगभग 2 ग़ैर सरकारी संगठन को सूचीबद्ध किया है। नागासाकी के कुछ टॉप रेटेड ग़ैर सरकारी संगठन हैं। जापान रेड क्रॉस के अध्यक्ष साकी प्रान्त शाखा & जापानी रेड क्रॉस सोसायटी नागासाकी अध्याय।