Japan-Places.com ने कुमामोटो में लगभग 1 गैर लाभकारी संगठन को सूचीबद्ध किया है। कुमामोटो के कुछ टॉप रेटेड गैर लाभकारी संगठन हैं। कुमामोटो जैविक कृषि अध्ययन समूह।