Japan-Places.com ने कुमामोटो में लगभग 2 गैर लाभकारी संगठन को सूचीबद्ध किया है। कुमामोटो के कुछ टॉप रेटेड गैर लाभकारी संगठन हैं। कुमामोटो क्षेत्रीय नगर अनुसंधान संस्थान & चैरिटी गार्डन स्टाफ डॉरमेटरी।