Japan-Places.com ने कुमामोटो में लगभग 2 गैर लाभकारी संगठन को सूचीबद्ध किया है। कुमामोटो के कुछ टॉप रेटेड गैर लाभकारी संगठन हैं। एनपीओ कुमामोटो एसीएलएस एसोसिएशन & रोगी के अधिकार लोकपाल।