Japan-Places.com ने मात्सुमोतो में लगभग 1 गैर लाभकारी संगठन को सूचीबद्ध किया है। मात्सुमोतो के कुछ टॉप रेटेड गैर लाभकारी संगठन हैं। शिंशु मात्सुमोतो माउंटेन गाइड एसोसिएशन यामाटामी।