Japan-Places.com ने मात्सुमोतो में लगभग 1 गैर लाभकारी संगठन को सूचीबद्ध किया है। मात्सुमोतो के कुछ टॉप रेटेड गैर लाभकारी संगठन हैं। शिंशु त्सुकिनोवागुमा अध्ययन समूह।