Japan-Places.com ने मिनाटो सिटी में लगभग 2 गैर लाभकारी संगठन को सूचीबद्ध किया है। मिनाटो सिटी के कुछ टॉप रेटेड गैर लाभकारी संगठन हैं। जापान हॉस्पिटैलिटी मूवमेंट एसोसिएशन & जापान में स्वीडिश चैंबर ऑफ कॉमर्स एंड इंडस्ट्री (SCCJ)।