Japan-Places.com ने मिनाटो सिटी में लगभग 2 गैर लाभकारी संगठन को सूचीबद्ध किया है। मिनाटो सिटी के कुछ टॉप रेटेड गैर लाभकारी संगठन हैं। संयुक्त राष्ट्र यूएनएचसीआर एसोसिएशन & सामाजिक नवाचार जापान (निर्दिष्ट गैर-लाभकारी संगठन)।