Japan-Places.com ने नागासाकी में लगभग 1 गैर लाभकारी संगठन को सूचीबद्ध किया है। नागासाकी के कुछ टॉप रेटेड गैर लाभकारी संगठन हैं। पोनीलैंड नागासाकी (एनपीओ कॉर्पोरेशन)।