Japan-Places.com ने निगाटा में लगभग 3 गैर लाभकारी संगठन को सूचीबद्ध किया है। निगाटा के कुछ टॉप रेटेड गैर लाभकारी संगठन हैं। निगाता एनजीओ नेटवर्क सचिवालय, किज़ुना (एनपीओ कॉर्पोरेशन) & निगाता टोकी मेकी वर्क्स (एनपीओ कॉर्पोरेशन)।