Japan-Places.com ने शिंजुकु सिटी में लगभग 3 गैर लाभकारी संगठन को सूचीबद्ध किया है। शिंजुकु सिटी के कुछ टॉप रेटेड गैर लाभकारी संगठन हैं। संरक्षण अंतर्राष्ट्रीय जापान, संरक्षण अंतर्राष्ट्रीय जापान & फिलिपिनो जापानी कानूनी सहायता केंद्र।