Japan-Places.com ने शिंजुकु सिटी में लगभग 3 गैर लाभकारी संगठन को सूचीबद्ध किया है। शिंजुकु सिटी के कुछ टॉप रेटेड गैर लाभकारी संगठन हैं। जापान-कोरिया सांस्कृतिक आदान-प्रदान बैठक, जापान-कोरिया सांस्कृतिक आदान-प्रदान बैठक & अंतर्राष्ट्रीय गतिविधि सहायता संगठन।