Japan-Places.com ने शिंजुकु सिटी में लगभग 4 गैर लाभकारी संगठन को सूचीबद्ध किया है। शिंजुकु सिटी के कुछ टॉप रेटेड गैर लाभकारी संगठन हैं। जापान-तुर्की सांस्कृतिक विनिमय संघ (निर्दिष्ट गैर-लाभकारी गतिविधि निगम), जापान नाउ पर्यटन सूचना संघ (एनपीओ निगम), जापान फ्यूचर ऑर्गनाइजेशन (एनपीओ कॉर्पोरेशन) & जापान अकॉर्डियन एसोसिएशन (गैर-लाभकारी संगठन)।