Japan-Places.com ने शिंजुकु सिटी में लगभग 1 गैर लाभकारी संगठन को सूचीबद्ध किया है। शिंजुकु सिटी के कुछ टॉप रेटेड गैर लाभकारी संगठन हैं। एनपीओ जापान सोसाइटी फॉर मैन्युफैक्चरिंग।