Japan-Places.com ने शिंजुकु सिटी में लगभग 3 गैर लाभकारी संगठन को सूचीबद्ध किया है। शिंजुकु सिटी के कुछ टॉप रेटेड गैर लाभकारी संगठन हैं। विशेष ओलंपिक जापान / टोक्यो (प्रमाणित एनपीओ निगम), टोक्यो हार्ट & टोक्यो वाईएमसीए यामाते केंद्र।