Japan-Places.com ने योकोसुका में लगभग 3 गैर लाभकारी संगठन को सूचीबद्ध किया है। योकोसुका के कुछ टॉप रेटेड गैर लाभकारी संगठन हैं। नागोमी (एनपीओ कॉर्पोरेशन), न्यूमोकोनियोसिस / अभ्रक पीड़ित राहत कोष & योकोसुका कॉन्डोमिनियम मैनेजमेंट एसोसिएशन नेटवर्क (एनपीओ कॉर्पोरेशन)।