Japan-Places.com ने जापान में लगभग 231 जैविक दुकानें को सूचीबद्ध किया है। जापान के कुछ टॉप रेटेड जैविक दुकानें हैं। प्राकृतिक मार्चे हरे बरे, योशी की इमोया, वन काज़ोकू ऐरा किचन (एरा स्टोर), प्राकृतिक घर शिमोकिताज़ावा, सीए कार्बनिक कुराकुएन, सीए कार्बनिक कुराकुएन, सीए ऑर्गेनिक आशिया, वाइल्डफ्लावर स्क्वायर [ऑर्गेनिक / ग्रीनग्रोसर / क्लॉथ नैपकिन / कीटनाशक मुक्त सब्जियां / फुकुरोई सिटी / शिज़ुओका / सुपरमार्केट], हैप्पी थिंग शॉप & पृथ्वी हतायामा स्टोर।