Japan-Places.com ने मात्सुमोतो में लगभग 2 सार्वजनिक विश्वविद्यालय को सूचीबद्ध किया है। मात्सुमोतो के कुछ टॉप रेटेड सार्वजनिक विश्वविद्यालय हैं। शिंशु विश्वविद्यालय & शिंशु विश्वविद्यालय।