Japan-Places.com ने शिंजुकु सिटी में लगभग 3 अनुसन्धान संस्थान को सूचीबद्ध किया है। शिंजुकु सिटी के कुछ टॉप रेटेड अनुसन्धान संस्थान हैं। राष्ट्रीय संक्रामक रोग संस्थान टोयामा अनुसंधान कार्यालय भवन, राष्ट्रीय स्वास्थ्य और पोषण संस्थान & कोकुरित्सु कोकुसाई इरियोकेनक्यू केंद्र अनुसंधान संस्थान।