Japan-Places.com ने कोटो सिटी में लगभग 3 स्कूलों को सूचीबद्ध किया है। कोटो सिटी के कुछ टॉप रेटेड स्कूलों हैं। टोक्यो का यूआईए इंटरनेशनल स्कूल, तथावा इंटरनेशनल स्कूल & टोक्यो जापानी-अंग्रेजी अकादमी।