Japan-Places.com ने मिनाटो सिटी में लगभग 3 स्कूलों को सूचीबद्ध किया है। मिनाटो सिटी के कुछ टॉप रेटेड स्कूलों हैं। टोक्यो चिल्ड्रन गार्डन, मैरी स्कूल & जापान मेडिकल हूड स्कूल।