Japan-Places.com ने मिनाटो सिटी में लगभग 3 स्कूलों को सूचीबद्ध किया है। मिनाटो सिटी के कुछ टॉप रेटेड स्कूलों हैं। टोक्यो इंटरनेशनल स्कूल, नकाई रोज फार्म बारानो स्कूल & अंतर्राष्ट्रीय विद्यालय।