Japan-Places.com ने मिनाटो सिटी में लगभग 2 स्कूलों को सूचीबद्ध किया है। मिनाटो सिटी के कुछ टॉप रेटेड स्कूलों हैं। लौरस इंटरनेशनल स्कूल ऑफ साइंस (शिरोकानेदाई) & जापान बॉडी थेरेपिस्ट कॉलेज।