Japan-Places.com ने कुमामोटो में लगभग 2 विश्वविद्यालयों को सूचीबद्ध किया है। कुमामोटो के कुछ टॉप रेटेड विश्वविद्यालयों हैं। उन्नत चिकित्सा अनुसंधान के लिए अंतर्राष्ट्रीय केंद्र (IRCMS) & उन्नत चिकित्सा अनुसंधान के लिए अंतर्राष्ट्रीय केंद्र (IRCMS)।