Japan-Places.com ने कुमामोटो में लगभग 3 विश्वविद्यालय विभाग को सूचीबद्ध किया है। कुमामोटो के कुछ टॉप रेटेड विश्वविद्यालय विभाग हैं। इंजीनियरिंग के संकाय, कुमामोटो विश्वविद्यालय फार्मास्युटिकल साइंसेज के संकाय मुख्य भवन & कुमामोटो यूनिवर्सिटी फैकल्टी ऑफ फार्मास्युटिकल साइंसेज मेडिसिनल रिसोर्सेज इको फ्रंटियर सेंटर।