Japan-Places.com ने क्योटो में लगभग 3 विश्वविद्यालय पुस्तकालय को सूचीबद्ध किया है। क्योटो के कुछ टॉप रेटेड विश्वविद्यालय पुस्तकालय हैं। दक्षिण पूर्व एशियाई अध्ययन केंद्र क्योटो विश्वविद्यालय, क्योटो यूनिवर्सिटी ग्रेजुएट स्कूल ऑफ़ फ़ार्मेसी एंड फ़ार्मेसी लाइब्रेरी & क्योटो यूनिवर्सिटी ग्रेजुएट स्कूल ऑफ फार्मास्युटिकल साइंसेज लाइब्रेरी।