Japan-Places.com ने मिनाटो सिटी में लगभग 1 विश्वविद्यालय पुस्तकालय को सूचीबद्ध किया है। मिनाटो सिटी के कुछ टॉप रेटेड विश्वविद्यालय पुस्तकालय हैं। इंस्टीट्यूट ऑफ मेडिकल साइंस लाइब्रेरी टोक्यो विश्वविद्यालय।