Japan-Places.com ने जापान में लगभग 133 प्राकृतिक इतिहास संग्रहालय को सूचीबद्ध किया है। . जापान के कुछ टॉप रेटेड प्राकृतिक इतिहास संग्रहालय हैं। उज़ू दफन वन संग्रहालय, कन्ना डायनासोर केंद्र, काशीहारा कीटनाशक, इचिकावा में प्राकृतिक इतिहास का नगर संग्रहालय, माउंट सैनबे "साहिमेल" का शिमाने प्रीफेक्चुरल नेचर म्यूजियम, प्रकृति और मानव गतिविधियों का संग्रहालय ह्योगो, प्रकृति और मानव गतिविधियों का संग्रहालय ह्योगो, मिकासा सिटी संग्रहालय, मिकासा सिटी संग्रहालय & प्राकृतिक इतिहास का टोयोहाशी संग्रहालय.