Japan-Places.com ने जापान में लगभग 540 प्रोटेस्टेंट चर्च को सूचीबद्ध किया है। जापान के कुछ टॉप रेटेड प्रोटेस्टेंट चर्च हैं। कोइवा चर्च, हचिनोसाटो क्रिश्चियन चर्च, अकासाका चर्च, युमाची होंगो चर्च, कागोशिमा काजियाचो चर्च, जापानी ईसाई चर्च निशियाराय चर्च, विजन सेंटर (यीशु परिवार चर्च), दक्षिण ओसाका बाइबिल चर्च, जापान एलायंस क्राइस्ट चर्च त्सुचिउरा मेगुमी चर्च & जापानी गठबंधन के मेगुमी त्सुचिउरा चर्च।